a. Trình tự thực hiện  (Điều 8 Thông tư số 35/2015/TT-BNNPTNT)
Bước 1: Chủ vật thể có nhu cầu cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật đối với các lô hàng vật thể vận chuyển từ vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật, nộp hồ sơ tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật, địa chỉ số 10 Nguyễn Huy Tưởng, phường 6, quận Bình Thạnh, Thành phố Hồ Chí Minh.
- Thời gian nhận hồ sơ và trả kết quả giải quyết: Trong các ngày làm việc, từ thứ hai đến thứ sáu:
+ Buổi sáng từ 7 giờ 30 phút  đến 11giờ 30 phút;
+ Buổi chiều  từ 13 giờ 00 phút đến 17 giờ 00 phút.
Bước 2:  Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật tiếp nhận và kiểm tra ngay tính hợp lệ của hồ sơ theo quy định.
Bước 3: Kiểm tra lô vật thể
Căn cứ kết quả kiểm tra hồ sơ, Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật quyết định địa điểm và bố trí công chức kiểm tra ngay lô vật thể theo trình tự sau đây:
- Kiểm tra sơ bộ: kiểm tra bên ngoài lô vật thể, bao bì đóng gói, phương tiện chuyên chở; khe, kẽ và những nơi sinh vật gây hại có thể ẩn nấp; thu thập côn trùng bay, bò hoặc bám bên ngoài lô vật thể.
- Kiểm tra chi tiết: kiểm tra bên trong và lấy mẫu lô hàng theo quy định tại QCVN 01-141:2013/BNNPTNT Quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về phương pháp lấy mẫu kiểm dịch thực vật; thu thập các vật thể mang triệu chứng gây hại và sinh vật gây hại; phân tích giám định mẫu vật thể, sinh vật gây hại đã thu thập được.
Bước 4. Cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật.
- Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa cho lô vật thể (Theo mẫu quy định tại Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư số 33/2014/TT-BNNPTNT) trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch. (Điều 8, Điều 16 Thông tư số 35/2015/TT-BNNPTNT).
- Trường hợp kéo dài hơn 24 giờ do yêu cầu về chuyên môn kỹ thuật thì Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật phải thông báo hoặc trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do cho chủ vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật biết.
- Trường hợp phát hiện lô vật thể không đáp ứng yêu cầu về kiểm dịch thực vật nội địa thì Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật không cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật đồng thời phải thông báo cho chủ vật thể biết.
Bước 5: Chủ vật thể căn cứ vào ngày hẹn trên biên nhận đến Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật để nhận kết quả.
b. Cách thức thực hiện: Trực tiếp tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của
Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật.
c. Thành phần, số lượng hồ sơ: (Điều 8 Thông tư số 35/2015/TT-BNNPTNT)
- Thành phần: Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật  (theo mẫu).
- Số lượng hồ sơ: 01 bộ.
d. Thời hạn giải quyết:    
Trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch. Trường hợp kéo dài hơn 24 giờ do yêu cầu về chuyên môn kỹ thuật thì Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật phải thông báo hoặc trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do cho chủ vật hể thuộc diện kiểm dịch thực vật biết.
đ. Đối tượng thực hiện thủ tục hành chính: Chủ vật thể.
e. Cơ quan thực hiện thủ tục hành chính: (Điều 16 Thông tư số 35/2015/TT-BNNPTNT).
Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
g. Kết quả thủ tục hành chính: Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật đối với các lô hàng vật thể vận chuyển từ vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật hoặc văn bản từ chối.
h. Tên mẫu đơn, mẫu tờ khai: Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật (Phụ lục v, Thông tư số 35/2015/TT-BNNPTNT).
i. Phí, lệ phí: (Thông tư số 231/2016/TT-BTC)
Theo bảng chi tiết về phí kiểm dịch thực vật đính kèm.
k. Yêu cầu, điều kiện thực hiện thủ tục hành chính: Không.
l. Căn cứ pháp lý của thủ tục hành chính:
- Luật Bảo vệ và Kiểm dịch thực vật số 41/2013/QH13 ngày 25 tháng 11 năm 2013. Có hiệu lực kể ngày 01 tháng 01 năm 2015.
- Luật Trồng trọt số 31/2018/QH14 ngày 19 tháng 11 năm 2018. Có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2020.
- Nghị định số: 116/2014/NĐ-CP ngày 04 tháng 12 năm 2014 của Thủ tướng Chính phủ Quy định chi tiết một số điều của Luật Bảo vệ và Kiểm dịch thực vật, có hiệu lực từ ngày 18 tháng 01 năm 2015.
- Nghị định số 94/2019/NĐ-CP ngày 13 tháng 12 năm 2019 của Chính phủ về Quy định chi tiết một số điều của Luật Trồng trọt về giống cây trồng và canh tác.
- Thông tư số 35/2015/TT-BNNPTNT ngày 14 tháng 10 năm 2015 của
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Quy định về kiểm dịch thực vật nội địa. Có hiệu lực kể từ ngày 30 tháng 11 năm 2015.
- Thông tư số 35/2014/TT-BNNPTNT ngày 31 tháng 10 năm 2014 của
Bộ Nông nghiệpvà Phát triển nông thôn ban hành Danh mục đối tượng kiểm dịch thực vật của nước Công hòa xã hội Chủ nghĩa Việt Nam. Có hiệu lực kể từ ngày ngày 01 tháng 01 năm 2015.
- Thông tư số 33/2014/TT-BNNPTNT ngày 14 tháng 10 năm 2015 của
Bộ Nông nghiệpvà Phát triển nông thôn Qui định trình tự, thủ tục kiểm dịch thực vật nhập khẩu, xuất khẩu, quá cảnh và sau nhập khẩu vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật. Có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2015.
- Thông tư số 231/2016/TT-BTC ngày 11 tháng 11 năm 2016 của
Bộ Tài Chính Quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí trong lĩnh vực bảo vệ thực vật. Có hiệu lực kể từ ngày 01 tháng 1 năm 2017.
- Quyết định số 6102/QĐ-UBND ngày 22 tháng 11 năm 2016 của
Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh tổ chức lại Chi cục Bảo vệ thực vật thành Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật trực thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn;
- Quyết định số 527/QĐ-SNN ngày 13 tháng 12 năm 2016 của Sở
Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật Thành phố Hồ Chí Minh.
BẢNG CHI TIẾT VỀ PHÍ KIỂM DỊCH THỰC VẬT
1. Lô hàng nhỏ

Ghi chú: Trong biểu trên, các mức thu được hiểu như sau:
- Mức thu quy định tại Biểu phí nêu trên chưa bao gồm chi công tác phí cho cán bộ trực tiếp thực hiện lấy mẫu, kiểm tra vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật.
Mức chi công tác phí cho cán bộ trực tiếp thực hiện lấy mẫu, kiểm tra vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật: Áp dụng theo chế độ công tác phí đối với các cơ quan nhà nước và đơn vị sự nghiệp công lập. Người nộp phí phải trả cho tổ chức thu phí khi có phát sinh chi phí này.
Khi phát sinh chi phí này, tổ chức thu phí sẽ Thông báo mức thu cho người nộp phí trước khi tiến hành công tác lấy mẫu, kiểm tra vật thể.
- Thực tế phân tích, giám định chỉ tiêu nào thì thu phí theo chỉ tiêu đó.
- Lô hàng có khối lượng trên 500 (tấn, m³) được phân lô theo hầm tầu, kho để kiểm dịch và tính phí kiểm dịch, hoặc cộng thêm phí kiểm dịch phần còn lại với phí kiểm dịch của lô 500 (tấn, m³).
- Trọng lượng thực tế (tấn, m³) nằm trong khoảng giữa 2 lô hàng thì thực hiện nguyên tắc làm tròn (≥ 0,5 tính vào lô liền kề trên < 0,5 tính vào lô liền kề dưới).
- Lô hàng có khối lượng nhỏ ≤ 01 kg (hạt giống), ≤ 10 cá thể (cành ghép, mắt ghép, hom giống, củ giống) bao gồm nhiều chủng loại giống khác nhau được tính phí KDTV tương đương với phí KDTV của 1 lô hàng.
- Phí giám sát khử trùng vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật được tính bằng 50% mức thu theo mục này./.