a. Trình tự thực hiện 
Bước 1: Chủ vật thể nộp trực tiếp 01 bộ hồ sơ đăng ký kiểm dịch thực vật đối với các lô vật thể vận chuyển từ vùng nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật (vận chuyển nội địa) tại Bộ phận Tiếp nhận và Trả kết quả tại Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật (Địa chỉ: 10 Nguyễn Huy Tưởng, Phường 7, quận Bình Thạnh, TP.HCM; SĐT: 028 35102686; Fax: 028 38414926 Email: ccttbvtv.snnmt@tphcm.gov.vn)
- Thời gian nhận hồ sơ: trong các ngày làm việc, từ thứ Hai đến thứ Sáu:
+ Buổi sáng: Từ 7 giờ 30 phút  đến 11 giờ 30 phút.
+ Buổi chiều:  Từ 13 giờ 00 phút đến 17 giờ 00 phút.
Bước 2:  Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật tiếp nhận và kiểm tra ngay tính hợp lệ của hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ không hợp lệ thì yêu cầu chủ vật thể bổ sung, hoàn thiện hồ sơ.
Bước 3: Kiểm tra lô vật thể
Căn cứ kết quả kiểm tra hồ sơ, Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật quyết định địa điểm và bố trí công chức kiểm tra ngay lô vật thể.
Bước 4. Cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật.
- Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa trong vòng 24 giờ kể từ khi bắt đầu kiểm dịch đối với lô vật thể không bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật hoặc đối tượng phải kiểm soát của Việt Nam hoặc sinh vật gây hại lạ.
- Trường hợp kéo dài hơn 24 giờ do yêu cầu về chuyên môn kỹ thuật hoặc trường hợp không cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa thì Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật phải thông báo hoặc trả lời bằng văn bản và nêu rõ lý do cho chủ vật thể biết.
b. Cách thức thực hiện: Trực tiếp tại Bộ phận tiếp nhận và trả kết quả của
Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật.
c. Thành phần, số lượng hồ sơ: Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật vận chuyển nội địa (theo mẫu qui định tại Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư 35/2015/TT-BNNPTNT).
- Số lượng hồ sơ: 01 bộ.
d. Thời hạn giải quyết: 24 giờ
đ. Đối tượng thực hiện thủ tục hành chính: Tổ chức, cá nhân tham gia hoạt động vận chuyển vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật từ vùng bị nhiễm đối tượng kiểm dịch thực vật.
e. Cơ quan thực hiện thủ tục hành chính: 
Chi cục Trồng trọt và Bảo vệ thực vật trực thuộc Sở Nông nghiệp và Môi trường Thành phố Hồ Chí Minh.
g. Kết quả thực hiện thủ tục hành chính: Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, quá cảnh và vận chuyển nội địa.
h. Phí, lệ phí: Không
j. Tên mẫu đơn, mẫu tờ khai: Giấy đăng ký kiểm dịch thực vật vận chuyển nội địa (Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư 35/2015/TT-BNNPTNT).
k. Yêu cầu, điều kiện thực hiện thủ tục hành chính: Không.
l. Căn cứ pháp lý của thủ tục hành chính:
- Luật Bảo vệ và Kiểm dịch thực vật ngày 25 tháng 11 năm 2013.
- Thông tư số 33/2014/TT-BNNPTNT ngày 31 tháng 10 năm 2014 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định trình tự, thủ tục và cấp Giấy chứng nhận kiểm dịch thực vật nhập khẩu, xuất khẩu và quá cảnh đối với vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật; kiểm dịch thực vật sau nhập khẩu.
- Thông tư số 35/2015/TT-BNNPTNT ngày 14 tháng 10 năm 2015 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định về kiểm dịch thực vật.
- Thông tư số 01/2018/TT-VPCP ngày 23 tháng 11 năm 2018 của Văn phòng Chính phủ về hướng dẫn thi hành một số quy định của Nghị định số 61/2018/NĐ-CP ngày 23 tháng 4 năm 2018 của Chính phủ về thực hiện cơ chế một cửa, một cửa liên thông trong giải quyết thủ tục hành chính.
- Thông tư số 33/2021/TT-BTC ngày 17 tháng 5 năm 2021 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, trong hoạt động kiểm dịch và  bảo vệ thực vật thuộc lĩnh vực nông nghiệp.
- Thông tư số 04/2023/TT-BNNPTNT ngày 18 tháng 5 năm 2023 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về Ban hành Danh mục đối tượng kiểm dịch thực vật của nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam.
- Quyết định số 1000/QĐ-BNNMT ngày 22 tháng 4 năm 2025 của Bộ Nông nghiệp và Môi trường về việc công bố chuẩn hoá thủ tục hành chính lĩnh vực trồng trọt và bảo vệ thực vật thuộc phạm vi chức năng quản lý nhà nước của Bộ Nông nghiệp và Môi trường.
- Quyết định số 1730/QĐ-UBND ngày 06 tháng 5 năm 2025 của Ủy ban nhân dân Thành phố về việc công bố danh mục thủ tục hành chính lĩnh vực Trồng trọt; Bảo vệ thực vật thuộc phạm vi chức năng quản lý của Sở Nông nghiệp và Môi trường.